Har aldrig provat det i Windows/IIS och jag har rätt dålig koll (numer) vad som man bör undvika för att få saker att fungera bra i IIS också. Men vad gäller pather så borde det inte vara några problem, man får ju skriva in pather som man vill, och de interna / som används bör php själv byta till \ så att det fungerar i windows-miljö. Möjligen har jag glömt att katalogen som scriptet ligger i inte alltid är med i include path, vilket man kan ordna genom att lägga till ./ framför alla include-anrop, eller lägga till det i include_path i php.ini.
Om det är något annat problem måste jag få se lite felmeddelanden eller liknande, eller ännu hellre en ftp för att prova lite olika saker. Har tyvärr ingen egen windows-miljö att testa på.